四只平凡的寵物小烏龜和一只來自日本的老鼠,在一場車禍中相逢,並沾上了一種奇怪的液體。奇跡隨之發生,他們的身體開始不斷長大,智力也快速提高……他們就是忍者神龜達芬奇、多納泰羅、拉斐爾、米開朗基羅和他們的老師斯普林特。
神龜們在斯普林特老師的教導下,個個驍勇善戰,身懷絕技。但是由於形象的特殊,神龜和他們的老師只能生活在紐約市的地下管道中,過著與世隔絕的生活。
直到有一天,一群捕鼠器毫無預警地沖進了他們的生活,毀壞了他們的家……神龜們在同捕鼠器搏鬥的過程中,救下了正遭受捕鼠器追殺的埃菲爾,從此他們 開始了和人類的接觸,開始了對外面世界的認知,開始了和狡猾的斯多克曼博士、紫龍幫的壞蛋以及一夥神秘且訓練有素的忍者的殊死搏鬥……